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LncRNA 測(cè)序
技術(shù)簡(jiǎn)介
長(zhǎng)鏈非編碼RNA (long non-coding RNA) 是一類(lèi)長(zhǎng)度大于 200nt，且不編碼蛋白質(zhì)的 RNA，廣泛存在于生物體內(nèi)。Lnc-RNA 測(cè)序采用去除 rRNA 的建庫(kù)方法，并依托高通量測(cè)序技術(shù)，一次性獲得單堿基分辨率的特定組織或細(xì)胞在特定階段的所有 mRNA 和lncRNA，研究 lncRNA 在轉(zhuǎn)錄以及轉(zhuǎn)錄后等方面對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控作用。
技術(shù)路線
送樣建議
體積 | 總量 | 完整性及純度 | |
≥40 ng/μL | ≥50μL | ≥2 μg | RIN≥6.5，28S/18S≥1.0；基線平整，5S峰正常；無(wú)DNA，蛋白，鹽離子等污染 |
技術(shù)參數(shù)
測(cè)序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 | |
LncRNA測(cè)序 | HiSeq/NovaSeq, PE150 | 12G clean data | 60個(gè)自然日 |
案例分析
Lnc RNA 表達(dá)譜揭示腸道組織微生物群的分子特征[1]
研究背景
腸道微生物群可以影響宿主的生理、代謝、營(yíng)養(yǎng)和免疫力而被稱(chēng)為隱藏的器官。腸道微生物群的形成主要由于環(huán)境和基因效應(yīng)的作用，以前的研究焦點(diǎn)在于編碼蛋白的基因，而長(zhǎng)鏈非編碼與腸道微生物群之間的聯(lián)系很少有報(bào)道。
研究目的
通過(guò)外顯子芯片技術(shù)和 Lnc RNA 表達(dá)譜技術(shù)探索腸道微生物群形成過(guò)程中 Lnc RNA 表達(dá)之間的關(guān)系。
研究結(jié)果
成功鑒定出傳統(tǒng)小鼠和無(wú)菌小鼠之間 Lnc RNA 表達(dá)差異，研究證明在腸道中的不同的微生物群其 Lnc RNA 表達(dá)譜不一樣。
圖1.共生的微生物群,大腸桿菌(大腸桿菌),或大腸桿菌表達(dá)膽汁鹽水解酶(E.coli-BSH)調(diào)節(jié)的 lncRNAs圖譜以及傳統(tǒng)和無(wú)菌小鼠之間LncRNA差異表達(dá)
參考文獻(xiàn)
[1]. Liang, L. et al. Long noncoding RNA expression profiles in gut tissues constitute molecular signatures that reflect the types of microbes. Sci Rep, 2015, 5:11763, doi:10.1038/srep11763.
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