人目標(biāo)區(qū)域測序
技術(shù)簡介
目標(biāo)區(qū)域測序是利用高通量測序技術(shù)對(duì)目標(biāo)基因進(jìn)行測序。對(duì)大量樣本進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域研究，可以發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證疾病相關(guān)候選基因或相關(guān)位點(diǎn)，在臨床診斷、用藥指導(dǎo)和藥物開發(fā)方面有著巨大的應(yīng)用潛力。
技術(shù)路線
送樣建議
| 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | DNA 片段 |
| ≥20 ng/μL | ≥30 μL | ≥0.5 μg | DNA 無降解 |
技術(shù)參數(shù)
| 目標(biāo)區(qū)域測序 | 測序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
HiSeq/NovaSeq PE150 | 200X | 45個(gè)自然日 |
案例分析
全新的ctDNA檢測技術(shù)：癌癥個(gè)體化深度測序分析方法（CAPP-Seq）[1]
研究背景
癌癥個(gè)體化深度測序分析方法 (CAPP-Seq)，對(duì)非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC )的 ctDNA 檢測結(jié)果靈敏度高，特異性強(qiáng)且經(jīng)濟(jì)可行。
研究目的
利用定制化的 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library 作為"篩選器" (selector) 對(duì)樣本進(jìn)行靶向捕獲后再進(jìn)行深度測序。
研究結(jié)果
研究者從腫瘤基因突變數(shù)據(jù)庫 (COSMIC) 等來源找出與 NSCLC 復(fù)發(fā)突變相關(guān)的外顯子，再對(duì)來自腫瘤基因圖譜 (The Cancer Genome Atlas) 數(shù)據(jù)庫的 407 位 NSCLC 患者全基因組測序結(jié)果進(jìn)行篩選，并應(yīng)用迭代算法使篩選出的區(qū)域在充分覆蓋每個(gè)樣本的錯(cuò)義突變的同時(shí)盡可能的精簡。羅氏 NimbleGen 根據(jù)以上區(qū)域定制了 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library 靶向序列捕獲產(chǎn)品作為本次 CAPP-Seq 的"篩選器"，包含了 139 個(gè)相關(guān)基因的 521 個(gè)外顯子和 13 個(gè)內(nèi)含子，共約 125kb。 NimbleGen "篩選器"有效的把測序區(qū)段濃縮到整個(gè)基因組大小的 0.004%， 使得后續(xù)超高深度測序得以實(shí)現(xiàn)。
圖1. CAPP-Seq 靈敏性和特異性分析
參考文獻(xiàn)
[1]. Aaron M. Newman1, Scott V. Bratman1, Jacqueline To,etc. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med,(2014).
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