10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
技術(shù)簡介
基于Pacbio10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序以單個細(xì)胞為單位進行檢測。基于微流控技術(shù)的單細(xì)胞文庫制備系統(tǒng)，可以同時獲得100-80,000以上的單細(xì)胞，制備文庫和Illumina平臺兼容，通過測序?qū)崿F(xiàn)對高通量單細(xì)胞數(shù)據(jù)進行細(xì)胞群體的分類以及細(xì)胞群體間基因表達的差異分析，是研究腫瘤異質(zhì)性，免疫細(xì)胞群體和胚胎發(fā)育的優(yōu)秀方法。10X Genomics可應(yīng)用的細(xì)胞類型眾多，如腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞、干細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞、生殖細(xì)胞、 胚胎細(xì)胞等。
技術(shù)路線（實驗+信息分析流程）
送樣建議
樣本類型：細(xì)胞懸液，組織等
發(fā)育生物學(xué)：神經(jīng)細(xì)胞發(fā)育研究、腦發(fā)育研究等。
腫瘤方向：腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性、腫瘤微環(huán)境、腫瘤耐藥性等。
細(xì)胞方向:大規(guī)模細(xì)胞圖譜構(gòu)建、細(xì)胞分化、稀有細(xì)胞類型鑒定等。
免疫方向：構(gòu)建免疫圖譜、免疫細(xì)胞分化等。
生物標(biāo)志物/疾病分型
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案例分析
Cell Research： 通過單細(xì)胞RNA測序追蹤人類胚胎中的第一個造血干細(xì)胞生成[1]
研究背景
迄今為止，追蹤人類胚胎中的第一批造血干細(xì)胞（HSC）的出現(xiàn)，特別是其稀有和短暫的前體，是具有挑戰(zhàn)性的，主要是由于技術(shù)限制和材料稀缺性。
研究策略
本文對509個細(xì)胞進行了良好的單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq），對11,440個細(xì)胞進行了基于微滴的scRNA-seq測序（10X Chromium），從而首次構(gòu)建了人類胚胎中HSC生成的分子景觀。涵蓋了人類胚胎發(fā)生過程中從內(nèi)皮細(xì)胞到HSC轉(zhuǎn)換的整個過程。
圖1. 人類胚胎單細(xì)胞測序分析
參考文獻
[1]. Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing. Cell Res. 2019 Nov;29(11):881-894. doi: 10.1038/s41422-019-0228-6. Epub 2019 Sep 9.
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